负责机关日常运转工作,承担信息、安全保密、信访、政务公开、信息化、宣传、培训等工作。承担机关和所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资、离退休干部工作,指导水利行业人才队伍建设。负责机关和所属事业单位的党群、纪检监察工作。承担水利体制改革的有关工作。

组织参与相关地方水利规章的起草工作。负责贯彻执行水利工作的政策并监督实施。指导水利行政许可工作并监督检查。承办局行政复议、行政应诉和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法,协调跨县（市）、兵团、中央、自治区驻塔单位水事纠纷,组织查处重大涉水违法事件。组织水资源费、水土保持设施补偿费和水土流失防治费的征收及监督使用。